Hormonal bozukluklar varsa ve barsak mikrobiyomunun yapılan gaita testlerinde bozuk olduğu saptanırsa doktorunuz tarafından önerilebilecek yaklaşımlar ile kişiye özgü olarak bağırsak mikrobiyomunu değiştirmek mümkündür. Bu genellikle yaşam tarzı değişiklikleri, diyet, probiyotikler, prebiyotikler ve tıbbi tedaviler aracılığıyla sağlanabilir, ve bozulmuş bağırsak mikrobiyomuna bağlı gelişebilecek meme kanseri gibi kanserlerin oluşumu veya takibinde tekrarını önleyebilecek bazı adımlar atılmış olur. Bağırsak mikrobiyomunu olumlu yönde etkilemenin bazı yolları göz önünde bulundurulduğunda :

1. Diyet Değişiklikleri yapabilirsiniz. 
Lif Açısından Zengin Gıdalar: Meyve, sebze, tam tahıllar ve baklagiller gibi lif içeriği yüksek besinler, sağlıklı mikrobiyomun gelişimine yardımcı olur.
Fermente Gıdalar: Yoğurt, kefir, lahana turşusu ve kimchi gibi probiyotik açısından zengin gıdalar mikrobiyomu besleyebilir.
2. Probiyotik Takviyeleri
Probiyotikler: Doğrudan sağlıklı bakteriler içeren takviyeler alarak mikrobiyomu değiştirebilirsiniz. Bunlar genellikle probiyotik yoğurt, probiyotik yoğurt mayası, şase veya kapsül biçiminde bulunur. Ancak bağırsak mikrobiyom alt yapısı genelde istenmeyen bakteriler ile ile işgal edildiğinde, bu bakterilerin baskısı tıbbi tedaviler ile egellenmeden probiyotiklerin kalıcı bir etkisi olamamaktadır . Probiyotikler kesildikten 15 gün sonra flora yine eski haline dönmektedir. Özellikle antibiyotik kullanımları sırasında probiyotik eklenmesi ise azalmış floranın daha hızlı toparlanmasını sağlamaktadır.
3. Prebiyotikler
Prebiyotikler: Bağırsaktaki iyi bakterileri besleyen liflerdir, örneğin sarımsak, soğan, muz ve yer elması gibi gıdalarda bulunur. Bu ve bu gibi gıdaların kullanım şekilleri de barsak mikrobiyomunuzun gaita testleri ile saptanan sindirim bakterilerine göre belirlenmektedir.
4. Yaşam Tarzı Değişiklikleri
Egzersiz: Düzenli fiziksel aktivite, mikrobiyom sağlığını olumlu yönde etkileyebilir.
Stres Yönetimi: Stres, mikrobiyom dengesini bozabileceği için meditasyon ve diğer stres azaltma teknikleri faydalı olabilir. Ayrıca bozulmuş bir mikrobiyom da, hem yarattığı yangı ile (enflamasyon) hem de beynin ihtiyaç duyduğu yatıştırıcı kimyasalların bağırsakta yeteri kadar üretilememesi nedeniyle stres kontrolünün bozulmasına sebep olabilmektedir.
5. Antibiyotiklerin Dikkatli Kullanımı
Gereksiz antibiyotik kullanımı, mikrobiyomu olumsuz etkileyebilir. Antibiyotiklerin doktor önerisiyle ve gerektiği kadar kullanılması önemlidir. Hatta bağırsak mikrobiyom testinizin sonucuna göre  eğer floraya hakim çok güçlü bakteri grupları saptanırsa , diyet ve probiyotikler bu durumda mikrobiyomunuzu düzeltmeye yetemeyeceği için 
Bu yöntemlerle bağırsak mikrobiyomunuzdaki dengeyi sağlamak ve değiştirmek mümkündür. Ancak, yapılacak değişikliklerin etkilerini görmek zaman alabilir, bu nedenle sabırlı olunmalıdır.

Mikrobiyom, genel sağlığın korunmasında da kritik bir rol oynar. İnsan vücudunda bulunan trilyonlarca mikrop, bağışıklık sistemi, sindirim ve metabolizma dâhil olmak üzere birçok önemli süreçte yer alır. İşte mikrobiyomun sağlık üzerindeki etkilerini özetlersek:

1. Bağışıklık Sistemi Desteği
Mikrobiyom, bağışıklık sistemini düzenleyerek enfeksiyonlara karşı koruma sağlar. Sağlıklı bir mikrobiyom, patojenlerin çoğalmasını engelleyerek vücudu hastalıklara karşı daha dirençli hale getirir. İstenmeyen bağırsak bakterileri düzensiz çoğaldıklarında bağırsağın duvarı zedelenerek sızan bağırsak sorunu gelişebilir. Bu durumda yenilerek alınan her besin normal sindirimini tamamlayamadan emilebilir . Allerjiler yanı sıra otoimmün denilen ( vücudun kendi organlarına karşı geliştirdiği reaksiyonlar Ör: Haşimato tiroiditi ) gibi reaksiyonlar ile karşılaşılabilir.

2. Sindirim Sağlığı
Mikroplar, sindirim sisteminde besinleri fermente ederek vitamin ve mineral emilimini artırır. Antibiyotik kullanımı ve koruyucu içeren hazır gıdaların tüketilmesi ile bağırsak mikrobiyomu bozulabilir. Lif açısından zengin bir diyetle, faydalı bakterilerin çoğalmasını destekleyerek bağırsak sağlığını iyileştirir.

3. Metabolizmanın Düzenlenmesi
Mikrobiyom tedavisi, bozulmuş bakteri dengesi sonucu etkilenmiş olan enerji metabolizmasını düzelterek obezite ve diyabet riskini azaltabilir. Bazı bakteriler, yağların depolanma biçimini ve insülin yanıtını düzenleyebilir.

4. Ruh Sağlığı Üzerindeki Etkisi
Son araştırmalar, bağırsak mikrobiyomu ile beyin arasındaki bağlantıları göstermektedir. "Bağırsak-beyin ekseni" olarak bilinen bu bağlantı, stres, kaygı ve depresyon gibi ruhsal durumları etkileyebilir.

5. Hormon Dengelemesi
Mikrobiyom, hormon seviyelerini düzenleyerek genel hormonal dengemizi etkileyebilir. Örneğin, östrojen metabolizmasında rol oynayan bakteriler, meme kanseri riskini etkileyebilir. (Bkz Meme Kanseri ve mikrobiyom )

6. Enflamasyonun Azaltılması
Sağlıklı bir mikrobiyom, enflamatuar yanıtları dengede tutarak kronik hastalıkların önlenmesine yardımcı olabilir. Düşük dereceli ancak sürekli olan enflamasyon, farkedilmesede birçok hastalığın, özellikle de kalp hastalıkları ve kanserin temel bir tetikleyicisidir.

Sonuç
Mikrobiyomun sağlıklı kalması, dengeli bir diyet, düzenli fiziksel aktivite ve stres yönetimi gibi faktörlerle desteklenmelidir. Bu, genel sağlık üzerinde önemli bir etkisi olan bir denge sağlamaktadır.